É possível que você já tenha ouvido falar do RetroChallenge, capitaneado por John W. Linville. A ideia é trazer desafios para pessoas interessadas em micros clássicos (como nós). E um dos desafios que o Micah Bly assumiu para si mesmo foi montar um ambiente de desenvolvimento para facilitar a vida de quem quer programar em Assembly do MOS 6502 e seus parentes próximos, como o 6509, o 6510 e o 8502. Parecido com a minha iniciativa para desenvolver para MSX usando o Linux como ambiente operacional (novidades para breve).
Então, ele tem um longo e detalhado artigo, mostrando como ele procedeu: Configuração do Relauch64 (IDE para desenvolvimento cruzado), ajustes no VICE (emulador de C64), redação de código Assembly… E por aí vai. Vale a leitura.